2001年，我校根据青海省医药事业发展对药学人才的需求，在原有化学专业基础上成功申报药学本科专业，经青海省教育厅及教育部批准，取得青海省第一个药学本科专业办学资格。2002年9月正式招收第一届药学专业本科学生, 主要面向藏区5省培养具有藏医药学基础知识，能够利用现代药物研究方法及生产技术从事中藏药现代化生产与研究开发的专业技术人才。
药学和药物制剂专业以西部大开发和中药现代化的实施为发展契机，本着教学科研并重的发展思路，以师资队伍建设为根本，以平台建设为保证，专业建设取得一定的成效。2005年申请并获得省部共建“中藏药制药工艺学研究综合实验室”。2006年申请并获得“药物制剂”本科专业及“药物分析学”硕士学位授予权。2007年申请并获得以天然药物化学为主要研究方向的“青海省青藏高原植物资源化学研究重点实验室”（青海省科技厅）及药学“国家一类特色专业”（教育部、财政部）建设项目，同年“天然药物化学”被教育厅批准为省级重点建设课程。2008年申请并获得以中藏药质量控制技术为主要研究研究方向的“青海省药物分析学重点实验室”（青海省教育厅），同年获得省部共建“青藏高原民族药物现代化教学科研综合实验室”。2009年成功入选青海省首批十家“人才小高地”。2010年申请并获得“药学一级学科”硕士学位授予权；2011年，“青海省青藏高原植物资源化学研究重点实验室”再次入选青海省生物科技领域“人才小高地”。2012年，经严格遴选，药学学科成为省级重点学科；自主设置二级学科“藏药学”硕士点通过教育部审批；同年获得省部共建“藏药生药学综合实验室”。
现青海民族大学药学专业已成为教学条件良好，师资结构基本合理，研究方向明确，集本科、研究生教育为一体，具有鲜明特色的医药类专业。
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